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單細胞測序遇到瓶頸?是時候解鎖單細胞核測序技術了!
 
眾所周知,群體測序可能會掩蓋稀有細胞類型等重要生物學現象,因此越來越多的研究人員轉向單細胞測序,以更好地了解單個細胞如何在整個復雜生物學系統中起作用。

其中單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq),在生物及醫學研究領域有著非常廣泛的應用。但隨著研究和應用的深入,其技術局限性也逐漸凸顯??偨Y下來有:scRNA-seq主要適用于新鮮組織樣本,而不能用于難解離的組織或凍存組織等;另外,不同類型細胞在解離效率上存在差異,細胞解離過程可能會導致無法有效獲取到組織中的所有細胞類型。

那么為了克服這些困難,一個不錯的替代策略是使用單細胞核轉錄組測序(single-nuclei RNA-Seq,snRNA-Seq)。

不同于常規的scRNA-Seq,snRNA-Seq是直接抽提細胞核,并對細胞核進行后續的轉錄組測序分析。由于不受解離條件的限制,snRNA-Seq的方法拓寬了凍存樣本的利用價值,也適合于一些難解離的樣本。同時更容易獲得更加全面的細胞類型,更好地反應原始組織中的細胞組成和基因表達情況。
 
不過單細胞核的mRNA含量要低得多,想要獲得高品質的測序結果,需要選擇合適的技術。Takara的SMART-Seq技術,輕松為您snRNA-Seq分析保駕護航!
 
SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing(SMART-Seq v4)
·靈敏度高的cDNA合成:非常適用于研究1-1000個細胞或10 pg-10 ng 總RNA,可檢測更多基因
·支持更深度的挖掘分析:保留全長基因信息,可用于差異表達、融合基因、點突變等的研究
·節約寶貴時間:單管操作流程,減少樣品損失與混淆,降低手動操作誤差
 
更多snRNA-Seq應用,請見以下文獻的實力測評

★1-題目:A transcriptomic and epigenomic cell atlas of the mouse primary motor cortex
·發表期刊:Nature
·發表時間:2021-10-16
·DOI:10.1038/s41586-021-03500-8
·總結重點:
本實驗的研究人員對小鼠初級運動皮層中超過50萬個細胞進行了轉錄組和甲基化組測序,繪制出了超過56種神經元類型。同時開發了計算和統計學方法來整合多模塊數據,并對細胞類型的再現性進行定量驗證。

本研究共生成9個dataset,包括7個scRNA-seq和snRNA-seq dataset(使用微流控方法和SMART-Seq v4,n= 526,373個細胞),以及1個snmC-seq2 dataset (n= 9,872個細胞)和1個snATAC-seq dataset(n= 81,196個細胞)。

其中在進行snRNA-Seq分析時,相較于微流控方法,使用SMART-Seq v4時可以捕獲更多unique molecular fragments (100萬- 210萬個)。

 

★2-題目:Single-nucleus RNA-seq2 reveals functional crosstalk between liver zonation and ploidy
·發表雜志:Nature Communications
·發表時間:2021-7-12
·DOI:10.1038/s41467-021-24543-5
·總結重點:
為了擴展對細胞異質性的了解,本實驗的研究人員開發了一種改良的snRNA-seq2技術,可用于對冷凍保存的肝臟樣品進行核轉錄組分析。使用這種新方法,作者描述了具有不同倍性水平的單個肝細胞的轉錄組。

其中本實驗對來源于雄性幼鼠的肝臟組織快速冷凍后進行單核解離,使用SMART-Seq v4進行snRNA-Seq分析。實驗表明,最終獲得的每個細胞核的reads超過550,000,平均每個細胞核檢測到轉錄本超過11,000個。

 
拓展產品信息:SMART-Seq v4 PLUS Kit
·不只是一個Kit,更是完整的單細胞建庫體驗:在包含SMART-Seq v4基礎上,整合包含片段化酶的建庫模塊!
·小投入,大產出,構建更高品質Illumina文庫:文庫產量和轉錄本檢測數雙雙飆升!
·高質量的RNA-Seq數據:保留全長基因信息,低rRNA比率,高基因檢出數,有效擴增GC-rich轉錄本!
 
結語
snRNA-Seq的出現,能夠彌補scRNA-Seq的局限性,為研究者提供更多的選擇。
 
 
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