我們使用cookie改善您的瀏覽體驗并提供有意義的內容。請閱讀我們的cookie協議
收藏我們 在線訂購
     

機構用戶解決方案

產品選擇指南

技術服務信息

當前位置:首頁 > 新聞中心
無標題文檔
多國現不明原因兒童肝炎病例,病毒宏基因組助力檢測!
 

自從新冠病毒疫情爆發以來,大家對流行病和傳染病的關注也與日俱增。最近,全球多個國家和地區出現了不明原因兒童嚴重急性肝炎(acute severe hepatitis of unknown aetiology in children,ASHep-UA)病例報告,而且重癥病例占比較高,引起了人們廣泛關注。

為提前做好醫療救治準備,6月16日,國家衛健委發布《不明原因兒童嚴重急性肝炎診療指南(試行)》(下簡稱診療指南)

 
病因和發病機制說明
診療指南中指出:不明原因兒童嚴重急性肝炎的病因和發病機制尚在研究中。目前WHO認為,盡管將腺病毒感染作為病因的假說有一定合理性,但腺病毒通常引起低齡兒童輕度、自限性的消化道或呼吸道感染,不能完全解釋該病一些較嚴重的臨床表現,故該病與腺病毒的關聯需進一步明確。大部分患兒未接種過新冠病毒疫苗,不支持該病與新冠病毒疫苗副作用有關的假說。其他致病因素尚在探索中,例如新冠肺炎流行期間,腺病毒流行水平較低致兒童易感性增加;出現新型腺病毒;腺病毒合并新冠病毒感染;新冠病毒感染并發癥導致超級抗原介導的免疫細胞活化,從而引起兒童多系統炎癥綜合征等。對其他病原體的探索也在進行中,非感染性因素也需進一步排除。
 
Tip:兒童多系統炎癥綜合征(multisystem inflammatory syndrome in children,MIS-C)
MIS-C是一種由SARS-CoV-2感染后引發的嚴重的、不受控制的炎癥反應,涉及多器官。
 
【MIS-C研究的文獻案例】
來自洛杉磯Cedars-Sinai醫學中心的研究人員利用蛋白質組學、RNA-Seq、自身抗體陣列以及BCR-Seq等技術,闡述了MIS-C的免疫發病機制,并進一步確定導致重癥癥狀以及重癥監護病房入院的因素。相關成果發表在《J Clin Invest》上題為The autoimmune signature of hyperinflammatory multisystem inflammatory syndrome in children一文中。

在本研究中,樣本包括輕度MIS-C (n=7)、重度MIS-C (n=20)、KD (n=7,COVID 19發生之前收集到的川崎病患者樣本)、健康對照(n =20)、發熱對照組(n=15)。其中,92%的MIS-C血清樣本和100%的KD血漿樣本在IVIG給藥前采集。使用Takara的SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3- Pico Input Mammalian(Pico v3,后文會進一步介紹說明)構建10 ng total RNA起始的測序文庫,并使用Illumina Novaseq 6000(PE 50)進行測序分析。
 
宏基因組測序應用于不明原因兒童肝炎的病原學檢查
診療指南中建議:當核酸檢測、抗原檢測和血清特異性抗體檢測的病原學檢查陰性,臨床高度疑似的感染者,可對血、肝穿刺組織等樣本進行宏基因組二代測序。
 
·說明
本文作者使用了Matchmaker Gold Yeast Two-Hybrid System進行rec-Y2H分析,Matchmaker Gold酵母雙雜交系統用于研究蛋白質—蛋白質相互作用。系統是采用3個啟動子、4個報告基因共同篩選,有效降低假陽性!
 
由于其不依賴微生物培養,可以直接對臨床樣本中的核酸進行測序的特點,宏基因組測序技術已經成為病原檢測的重要技術手段。整個基因測序流程一般包括樣本準備、文庫構建、上機測序和生物信息學分析等步驟。通過NGS技術可以直接獲得病毒的全基因組序列,進而分析病毒基因,為不明原因兒童肝炎的臨床治療和后續研究提供幫助!
 
但是,科研人員往往面臨病原微生物核酸含量低、宿主核酸污染、實驗流程復雜等問題,Takara病原微生物NGS文庫構建解決方案,能又快又好地幫您完成以下領域的分析。
 
Takara 病原檢測解決方案
 
■微量樣品的可靠宏基因組分例
在某些情況下,以非常少量的臨床樣本作為研究對象進行宏基因組分析是難免的,這類樣本包括臨床拭子、體液、少量組織等。ThruPLEX DNA-Seq Kit支持50 pg-50 ng DNA起始,單管操作、手動15 min、總共兩小時,過程中無需轉管與純化,輕松應對宏基因組建庫難題!
 
【文獻案例】
瑞典卡羅林斯卡醫學院的Dr. Nanna Fyhrquist團隊在Nature Communications雜志上發表了題為Microbe-host interplay in atopic dermatitis and psoriasis的文章,采用宏基因組學結合16s rRNA測序、宿主轉錄組測序分析技術,探討過敏性皮炎、銀屑病及健康人皮膚表面微生物群落特征,并與宿主皮膚轉錄組數據進行關聯分析。

結果顯示,過敏性皮炎與銀屑病皮膚樣品具有各自特有的微生物群落特征,并都與健康人樣本的數據存在差異。其中,過敏性皮炎樣本的優勢菌為Staphylococcus aureus,與皮膚屏障功能、色氨酸代謝及免疫激活等宿主轉錄組數據有相關性;銀屑病樣本顯示出共生的微生物群落結構,并與宿主疾病相關基因的表達存在弱相關性。

本案例中,作者使用皮膚拭子采集皮膚微生物樣本,采用ThruPLEX DNA-Seq Kit完成宏基因組文庫構建,起始DNA量為50-300 pg,非常微量!該試劑盒具有操作簡便,所構建文庫覆蓋度均一、多樣性好、duplicates比例低等特點,助力Dr. Nanna團隊獲得了可靠的宏基因組數據,為后續皮膚炎癥biomarker的發現及靶向治療提供了數據支持!
 
■突破低起始量微生物樣本的宏轉錄組項目研發瓶頸
在使用臨床樣本進行病原微生物NGS分析時,往往會遇到樣本含量少、樣本背景復雜、宿主核酸干擾大、建庫過程PCR擴增不均一等一系列問題,給正確分析病毒基因組信息造成困難。Takara提供的宏轉錄組建庫解決方案,以其快速、簡便、高效的特點,已被大量用于RNA病原微生物的檢測分析!
 
 
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian
【產品特色】
·50 pg-10 ng 的total RNA起始量,樣本稀少也能高效建庫!
·無需擔心RNA降解,兼容不同品質的RNA樣本 (RIN2-10或DV200>25%)!
·操作簡便時間短,不需要前處理rRNA, 6小時內完成Illumina文庫構建!
·非編碼與編碼同時分析,隨機引物起始,捕獲全轉錄組信息!
 
【文獻案例】
復旦大學張永振教授團隊通過測序分析了新冠病毒基因組序列,該病毒基因組來自一名41歲的男性患者,相關成果發表在Nature雜志題為A new coronavirus associated with human respiratory disease in China的文章中。本研究對200 μL肺泡灌洗液(BALF)樣本提取總RNA,使用Illumina MiniSeq(PE 150)進行深度宏轉錄組測序,確定了該病毒的基因組。同時進行系統進化分析,發現與一組來自于中國蝙蝠SARS樣冠狀病毒基因組相似度達到89.1%。作者使用了SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2- Pico Input Mammalian制備宏轉錄組文庫,通過核心的ZapR v2、Rprobes v2技術在建庫過程中去除了人源rRNA!
 
【應用文獻】
Pettersson JH, et al. Meta-transcriptomic identification of hepatitis B virus in cerebrospinal fluid in patients with central nervous system disease.[J]. Diagnostic microbiology and infectious disease, 2019,95(4).
 
研究人員采用宏轉錄組技術研究中樞神經系統綜合征患者腦脊液中的HBV病毒。使用了SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 - Pico Input Mammalian構建宏轉錄組文庫(所用的樣本為150 μl腦脊液,total RNA濃度為50-200 pg/μl)。
 
SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian
【產品特色】
·通過添加UMI,更加靈敏地識別PCR重復片段并校正測序錯誤!
·同樣無懼RNA降解,能分析質量較差的RNA樣本!
·支持皮克級總RNA起始,快速高效的構建測序文庫!
 
相信隨著研究的不斷深入,技術的不斷發展,我們會對不明原因兒童肝炎會有更新的認識和診療方案。同時也相信病毒宏基因組將繼續在病原微生物診斷和監測方面發揮重要作用。
 
 
欧美暴力交xxxx,亚洲区欧美区小说区在线,欧美牲交videossexeso,欧美亚洲国产片在线播放