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Takara有擔當:提供完善的新冠病毒檢測體系和研討數據

 
一、WHO公布的新冠病毒檢測RT-qPCR Protocol
面對新冠病毒這個強大的敵人,全球生命科學研究人員在第一時間應對,給出了針對新冠病毒核酸不同位點的不同檢測方案。
新冠病毒基因組擴增子的相對位置
 
 
上表內容翻譯自WHO網站https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/laboratory-guidance
 
二、Takara探針法One Step RT-qPCR家族
Takara作為眾多檢測試劑盒生產廠商的長期合作伙伴,在春節期間全力以赴,迅速研發合成每種Protocol對應的檢測引物、探針和標準品。中國疾病預防控制中心發表的文獻中使用了熒光定量PCR試劑One Step PrimeScript RT-PCR Kit (Perfect Real Time)(Code No. RR064),也因其高靈敏度、高擴增效率和高擴增特異性的特點,一直備受青睞。
 
在2019年Takara新推出的性能更優、操作更簡便的探針檢測一步法RT-qPCR試劑One Step PrimeScript III RT-qPCR Mix(Code No. RR600A)PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix(Code No. RR650A)也受到廣泛關注。
 
產品 Code No. 特點
One Step PrimeScript RT-PCR Kit (Perfect Real Time) RR064A/B probe法One Step RT-qPCR
One Step PrimeScript III RT-qPCR Mix RR600A/B 完全premix型probe法One Step RT-qPCR
One Step PrimeScript III RT-qPCR Mix, with UNG RR601A/B RR600的UNG版本,防止假陽性
PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix RR650A/B 無需RNA純化,直接進行probe法One Step RT-qPCR
PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix, with UNG RR651A/B RR650的UNG版本,防止假陽性
 
三、使用Takara產品進行新冠病毒檢測的研討結果
為了更好地服務科研人員,Takara研討了使用上述產品按照美國 CDC Protocol對新冠病毒進行檢測的結果,驗證了檢測靈敏度、擴增情況、多重PCR的實驗條件等內容。
 
1. 下面是美國CDC檢測Protocol中的引物、探針和Control RNA序列
Oligo name sequence (5' - 3') 5' 3' base Working Conc. Tm(℃)
2019-nCoV_N1-F GACCCCAAAATCAGCGAAAT     20 1.5 μM 61.2
2019-nCoV_N1-R TCTGGTTACTGCCAGTTGAATCTG     24 1.5 μM 62.7
2019-nCoV_N1-P ACCCCGCATTACGTTTGGTGGACC FAM BHQ1 24 0.375 μM 72.2
2019-nCoV_N2-F TTACAAACATTGGCCGCAAA     20 1.5 μM 62.3
2019-nCoV_N2-R GCGCGACATTCCGAAGAA     18 1.5 μM 63.4
2019-nCoV_N2-P ACAATTTGCCCCCAGCGCTTCAG FAM BHQ1 23 0.375 μM 72
2019-nCoV_N3-F GGGAGCCTTGAATACACCAAAA     22 1.5 μM 62.4
2019-nCoV_N3-R TGTAGCACGATTGCAGCATTG     21 1.5 μM 63.2
2019-nCoV_N3-P AYCACATTGGCACCCGCAATCCTG FAM BHQ1 24 0.375 μM 73.6
RP-F AGATTTGGACCTGCGAGCG     19 1.5 μM 63.8
RP-R GAGCGGCTGTCTCCACAAGT     20 1.5 μM 62.9
RP-P TTCTGACCTGAAGGCTCTGCGCG FAM BHQ1 23 0.375 μM 72
 
  Oligo name sequence (5' - 3') base
Control RNA US-N1 AUGGACCCCAAAAUCAGCGAAAUGCACCCCGCAUUACGUUUGGUGGACCCUCA
GAUUCAACUGGCAGUAACCAGAAUG
156
US-N2 UGAUUACAAACAUUGGCCGCAAAUUGCACAAUUUGCCCCCAGCGCUUCAGCGU
UCUUCGGAAUGUCGCGCAUU
146
US-N3 UGAGGGAGCCUUGAAUACACCAAAAGAUCACAUUGGCACCCGCAAUCCTGCUAA
CAAUGCUGCAAUCGUGCUACAACU
155
 
2. 下面是按照美國CDC檢測Protocol擴增的結果
目的基因:N1 模板:Control RNA US-N1 5/50/500/5,000/50,000 copies
 
目的基因:N2 模板:Control RNA US-N2 5/50/500/5,000/50,000 copies
 
目的基因:N3 模板:Control RNA US-N3 5/50/500/5,000/50,000 copies
 
目的基因:RP(RNAse P)基因 模板:HL60 RNA 10 pg/100 pg/1 ng/10 ng/100 ng
 
結論:
N1/N2/N3基因:50個拷貝能夠被穩定檢出,5個拷貝不能夠被穩定檢出。
內對照RP基因在10 pg HL60 RNA中能夠被檢出。
 
3. 多重定量PCR的研討結果
使用PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix, with UNG(Code No.RR651)對N1基因+RP基因、N3基因+RP基因進行多重定量PCR檢測。
 
1) 多重定量PCR的研討結果:
 
2) 擴增曲線如下:
US-N3基因擴增曲線更光滑,熒光信號更高,靈敏度為1~10拷貝。
RP+N3多重PCR結果穩定。
 
除了上述結果外,為了檢測Takara產品對不同儀器的兼容性,我們還研討了上述多重定量PCR在Takara、Thermo Fisher Scientific、Bio-Rad的定量PCR儀器上的擴增結果,RP+N3多重PCR無相互干擾,三種qPCR儀器均運行穩定,10 copies模板時Ct值≤38。
 
Takara還將陸續推出更多新冠病毒檢測的結果,包括使用PrimeDirect Probe RT-qPCR Mix, with UNG(Code No.RR651)不提取RNA而直接進行定量PCR的研討,敬請關注。
 
使用Takara探針檢測One Step RT-qPCR Kits,按照日本國立傳染病研究所在WHO發布的新冠病毒檢測Protocol的詳細實驗條件和實驗優化結果,請參考鏈接:
https://www.takara-bio.co.jp/goods/info/info144.htm
 
 
Takara愿與科研人員一起,用我們的專業專注,筑起對抗疫情的堅強防線。
 
 
 
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